L’attuale edificio si erge sul luogo ove originariamente sorgeva l’antico Palazzo denominato Domus Magna Comunis.
Il nuovo Palazzo Pubblico o Palazzo Governativo fu costruito tra gli anni 1884-1894 su progetto dell’architetto romano Francesco Azzurri, presidente dell’Accademia di S. Luca a Roma, il quale, interpretando le aspettative e i gusti dei committenti sammarinesi, lo disegnò nello stile caratteristico dei palazzi comunali del XII e XIV secolo. Furono impiegate maestranze locali dirette dal capomastro sammarinese Giuseppe Reffi, soprattutto per la lavorazione della pietra, mentre le decorazioni pittoriche, i manufatti in ferro battuto e gli arredi furono eseguiti da artigiani scelti appositamente dall’architetto Azzurri. Dopo cento anni di vita l’edificio, non più idoneo alle moderne esigenze, è stato sottoposto ad un complesso intervento di restauro e ristrutturazione, affidato all’architetto di fama internazionale Gae Aulenti, conclusosi il 30 settembre 1996, con una solenne inaugurazione.
Il Palazzo è sede delle massime cariche dello Stato e al suo interno si svolgono le sedute del Consiglio Grande e Generale e del Consiglio dei XII.
La facciata principale è caratterizzata da tre grandi aperture ogivali e dall’imponente torre merlata dell’orologio dove è posto un trittico in mosaico di Murano raffigurante i Santi Leo, Quirino e Agata.
La sua superficie, in pietra arenaria, è costellata dagli stemmi d’illustri casate italiane e da quelle dei quattro Castelli che componevano l'antico contado della Repubblica: Serravalle, Fiorentino, Faetano e Montegiardino.
Al centro, fra due grandi finestre ogivali, un balcone poligonale dal quale, con un’emozionante cerimonia, vengono annunciati i nomi dei Capitani Reggenti.
Sul lato destro dell'edificio è posta una statua in bronzo del Santo fondatore Marino, modellata nel 1894 da Giulio Tadolini.