La vita del treno permise una miglior comunicazione e scambio tra i due Stati, ma il 26 giugno 1944 i bombardieri americani colpirono la linea ferroviaria tra la stazione di Domagnano e Valdragone, ponendo fine alla storia del treno biancoazzurro. In realtà, nonostante il bombardamento, si riuscì a continuare un servizio minimo tra Domagnano e Rimini fino alla notte dell’11 luglio 1944, quando si scrisse per sempre la parola fine nella storia ferroviaria della Repubblica. Nell’ultimo periodo di servizio la ferrovia servì soprattutto per portare a San Marino parte della popolazione del circondario. Gli oltre 100.000 rifugiati trovarono ospitalità nelle case dei sammarinesi e in molti occuparono le gallerie del treno, divenute una vera e propria casa durante la guerra. Sono tante, infatti, le foto che testimoniano le abitazioni improvvisate dividendo con del colore rosso porzioni di galleria per segnare i confini tra una famiglia e l’altra.
